Sekirei sind (wunderschöne, meist weibliche) Alien, die zwar aussehen wie Menschen, aber im Besitz von übernatürlichen Kräften sind. Diese Kräfte können sie nur erhöhen, indem sie ihren Ashikabi (Partner/Meister) finden und sich mit ihm zusammentun (küssen). Auf dem Heimweg wird unser Protagonist, der neunzehnjährige Minato, der wieder einmal durch die Aufnahmeprüfung für die Uni gerasselt ist, in einen Kampf dreier solcher Sekirei verwickelt. Er weiß zwar nicht, was vor sich geht, doch nimmt er die eine, welche offenbar von den beiden anderen gejagd wird, bei der Hand und versteckt sie bei sich zu Hause. Musubi (so lautet der Name des Mädchens) wird Minatos Sekirei und wegen ihr muss er nach Kurzem seine Wohnung räumen, da der Vermieter keine Frauen duldet. Doch durch einen glücklichen Zufall werden die beiden in ein anderes Mietshaus aufgenommen, welches genau Minatos Vorstellungen entspricht. Allerdings strahlt die Vermieterin eine Art dämonische Aura aus und auch die anderen Mitbewohner sind ein wenig... merkwürdig...