Als Lelouch Lamperouge wieder einmal rausgeht, um seine üblichen Schach-Matches gegen Adlige abzuhalten, wird er auf dem Rückweg in einen terroristischen Anschlag in den Shinjuku Ghettos verwickelt. Anscheinend wurde dort eine geheimnisvolle Kapsel transportiert und als diese sich öffnet, entsteigt ein grünhaariges Mädchen aus dieser. Lelouch versucht mit ihr zu flüchten, wird dabei aber von einer Explosion erwischt. Als diese Nachricht seine kleine Schwester Nunnaly Lamperouge erreicht, bricht sie zusammen. Nun nachdem man der blinden und querschnittgelähmten Nunnaly auch ihre Familie weggenommen hat, weiß sie nicht mehr warum sie überhaupt noch leben sollte. Plötzlich erscheint vor ihr ein Wesen namens Nemo, das ihr anbietet sich an Britannien zu rächen. Nunnally willigt ein, verschmilzt mit Nemo und erschafft damit einen neuen "Knightmare". Dazu bekommt sie die Fähigkeit des Geass\', mit dem sie in die Zukunft sehen kann. In der Hoffnung ihren Bruder zu finden, zieht Nunnally los und muss gegen die britische Armee und einer neuen Rebellionsgruppe namens "der Orden der schwarzen Ritter" bestehen ...