Onegai Twins Handelt von einer niedlichen, aber verbotenen Liebesbeziehung zwischen einem Jungen und einem Mädchen, die lang verlorene Zwillinge zu sein scheinen. Es wird die Geschichte von Maiku, Karen und Miina erzählt. Maiku geht zur Mittelschule und wurde schon sehr früh zu einem Waisenkind. Er lebt jetzt in dem Haus, in dem er denkt, aufgewachsen zu sein. Seine Einzige Verbindung zu seiner Kindheit ist ein Foto auf dem sein Haus, er und seine Zwillingsschwester zu sehen sind. Karen und Miina sind auch früh verwaist. Miina wurde von einer Familie adpotiert, doch hat diese verlassen und steht nun bei Maiku vor der Tür, mit dem selben Foto wie er. Karen kam direkt aus einem Waisenhaus zu Maikus Haus und hat auch das Foto dabei. Die beiden Mädchen nähern sich ihm an und Maiku beschließt sich ihnen zu öffnen. Doch die Liebesvögel erkennen, dass einer von ihnen seine Schwester ist und ihre Liebe sich nie erfüllen kann. Oder doch?